1368年元室北迁以后，蒙古族地区的西藏佛教并未完全停止活动。
1374年(宣光四年，洪武七年)，驻首都和林的北元国师朵儿只怯烈失思巴藏卜，曾经遣讲主汝奴汪叔至明朝进表，献铜佛、舍利、哈丹布(哈达)以及元所授玉印、图书等物。
1389年(洪武二十二年)设朵颜等三卫，差不多同时，朱元璋颁《敕僧亦邻真藏卜》云“今特敕本僧，仍住持泰宁万寿寺”。
1407年(永乐五年)，鞑靼僧、鬼力赤之“师”耳亦赤也儿吉你儿灰等，曾作为鬼力赤汗的使节到过明朝。正统、景泰年间介入明蒙关系的番僧喇嘛更多。1437年(正统二年)英宗命瓦刺脱欢使臣哈马刺失力为慈善弘化国师，大藏为僧录司右觉义；次年初又命僧也克出脱里也为都纲。
1446年(正统十一年)瓦剌也先太师奏：“所遣朝贡灌顶国师喇嘛禅全，精通释教，乞大赐封号，并银印、金襕袈裟，及索佛教中合用五方佛画像、铃杆、铙鼓、缨络、海螺，咒施法食诸品物事”。由于明瓦刺关系日趋紧张，英宗拒绝了他的要求。1452年(景泰三年)，也先“又别为其国师三答失里、番僧撒灰帖木儿等奏求僧帽、僧衣、佛象、帐房、金印、银瓶、供器等项。俱不允。”其实使臣中的喇嘛远不止这些，所求亦不见得都被拒绝。土木之变英宗被俘，也先“叫原来我每处做使臣的哈巴国师”辨认是否真的大明皇帝。时距元朝覆灭已经八十多年，似乎蒙古与西藏之间仍保持一定的联系，包括宗教人员的往还。这些喇嘛僧侣，一般为萨迦(花教)、宁玛(红教)等宗派。
武宗正德间，亦卜剌窜西海，在藏族聚居区扩张势力。嘉靖中阿拉坦汗亦屡人青海，收服亦卜剌残部和撒里畏吾儿。这就增加了与藏族和藏传佛教接触的机会。据《阿拉坦汗传》，1558年(嘉靖三十七年)俺答（阿拉坦汗）征畏兀特残敌，途中俘虏众多图伯特(青海藏族)商人，“心发慈悲就地饶恕释放喇嘛一千人”。
达延汗后裔最先与青海地区藏传佛教建立联系的，是鄂尔多斯衮必里克墨尔根济农之孙、俺答侄孙库图克台彻辰洪台吉(明译切尽苗台吉)。据《蒙古源流》卷六。
岁次丙寅(嘉靖四十五年，1566年)，(库图克台彻辰洪台吉)年二十七岁，行兵图伯特，次于锡里木济之三河交会地方，大布尔萨喇嘛、禅师喇嘛、达尔罕喇嘛为首，遣使致信于乌松都尔三津、阿拉坦三津云：尔等若归附于我，我等共此经教；不然，我即加兵于尔。
藏族宗教领袖们经过一番商量以后，决定投降。库图克台彻辰洪台吉“于是收服三部落图伯特，带领巴克实喇嘛阿斯多克赛音班第、阿斯多克斡齐尔托密、桑噶斯巴等三人至蒙古地方。以乌堪珠沁丹与斡齐尔托密为妻，并给以圭温欢沁之号，尊为各官之首领焉。”库图克台彻辰洪台吉从此皈依佛教，成为“兼通番、汉、佛经”，“博通内典”的著名佛学家。他之所以信奉藏传佛教，显然首先出于对青海扩张势力的政治需要。
阿拉坦汗在1571年(隆庆五年)，即受封顺义王的当年，会见阿兴喇嘛，首次接触藏传佛教。据《阿拉坦汗传》载，俺答汗“将尊八思巴喇嘛、薛禅汗二人所建无比之经教世政怀念向往，昼不能忘而夜不成眠”，阿兴喇嘛劝他敬奉三宝、皈依佛门，说果如此“汝将如圣转轮王般遍地扬名”。阿兴喇嘛，《安多政教史》作佐格阿升喇嘛。《蒙古源流》卷六则写成阿哩克喇嘛，云是1573年(万历元年)用兵阿木多、喀木，即甘青和四川藏族地区请来的西藏僧人。阿哩克喇嘛向俺答解释了生死轮回、因果报应一类佛教教义。事实上，1572年(隆庆六年)正月，新封顺义王俺答已经向明朝“请金字番经，及遣剌麻番僧传习经咒”，明朝满足了他的要求。次年再请“选得金字番经并剌麻僧为传诵经典”，明朝也同意了。看来《阿拉坦汗传》的记载更为准确，1571年俺答就接受阿兴喇嘛的说教，倾心于藏传佛教。
1575年(万历三年)库库和屯（今呼和浩特市旧城）城建成，俺答“遣夷使乞佛像经文蟒段等物；所盖城寺，乞赐蜮名”，明朝照例同意，“赐城名归化，佛经佛像许该镇量写铸给与”。这件事表明，在归化筑城的同时，已经建造了第一座召庙。同一年，驻牧青海的俺答的儿子丙兔以“焚香修佛”为由向明朝要求在青海湖西北的察卜齐雅勒修建寺庙，该庙于1577年(万历五年)建成，明赐名“仰华寺”。
15、16世纪，藏传佛教中的格鲁派在西藏迅速崛起。格鲁派创始人宗喀巴，本名罗桑扎巴，1357年(元顺帝至正十七年)出生于宗喀(今青海湟中)，青年赴西藏求学，从萨迦派、噶当派诸名师研习佛法，造诣精深，成为前后藏著名的佛学大师。时萨迦、噶举等教派的一些喇嘛追逐权势、裒敛钱财、生活糜烂、戒律废驰，宗喀巴力矫时弊，倡导宗教改革，主张僧人严守戒律，过严格的宗教生活，注重修习次第，调整显、密宗的关系，因而受到许多僧人的支持和群众的同情。1409年(永乐七年)，宗喀巴得到西藏帕竹地方政权执政者扎巴坚赞的资助，在拉萨发起祈愿大法会；同年宗喀巴和他的弟子又在拉萨近郊创建甘丹寺，作为从事宗教活动的据点，扎巴坚赞等封建领主赠送寺院许多财物和庄园。至此，格鲁派作为一个新的教派正式创立。格鲁派喇嘛戴黄帽、着黄衣，俗称黄教，或黄帽派。以后宗喀巴的弟子又陆续在拉萨地区修建哲蚌、色拉寺，与甘丹合称格鲁派拉萨三大寺。在日喀则修建了扎什伦布寺等。
16世纪中，一些大寺院都拥有寺属庄园、牧场和属民，格鲁派寺院集团实际上已经成为藏族社会的一个农奴主集团。哲蚌寺实力最雄厚，该寺主也就成为格鲁派寺院集团的领导人。1542年哲蚌寺主根敦嘉措去世，两年后转世灵童继为活佛，他就是日后的三世达赖索南嘉措。此时支持格鲁派的帕竹地方政权日益衰弱，其下属仁蚌巴家族兴起。仁蚌巴家族与噶玛噶举派关系密切，敌视并打击格鲁派。迨索南嘉措成年，格鲁派危机四伏，如何摆脱困境就成为他所面临的最迫切的问题。
1571年首次与俺答汗接触的阿兴喇嘛，似乎就是一位格鲁派高僧。按《安多政教史》说，佐格阿升向俺答“讲述了达赖三世索南嘉措的事迹，于是汗王生起不可改移的信心，派遣金字使者前往，说'请大师前来北方’。”《阿拉坦汗传》也记载了阿兴喇嘛向俺答的说词：若如先圣薛禅汗、八思巴喇嘛二人一般，建立施行政治宗教并行之制时，(应仿效)西土我图伯特孟克地方(指拉萨)。
主张迎请索南嘉措。俺答于是在青狗年，即万历二年，1574年遣使往迎。《蒙古源流》卷六则认为俺答会见索南嘉措是库图克台彻辰洪台吉的建议。他对俺答说：从前失陷城池，与中国人结仇，以致出亡失统。今汗寿已高，渐至于老。事之有益于今生以及来世者，惟在经教，先贤曾言之。今闻西方纯雪地方有大悲观世音菩萨出现，祈遣使请来，照从前神祖呼必赉彻辰汗与胡土克图帕克巴喇嘛设立道教，岂非盛事乎！”
萨囊彻辰将这次具有历史意义的会见，归功于他曾祖的建议，当然是可以理解的，不过阿兴喇嘛所起的作用似乎更加重要。由于阿兴喇嘛、库图克台彻辰洪台吉等人介绍，俺答很快决定会见索南嘉措。半个世纪以来蒙古封建主在青海地区的军事行动，显示了强大的力量，给西藏社会注入了新的重要政治军事因素。蒙古俺答汗的皈依黄教，盛情邀请索南嘉措，对于格鲁派寺院集团来说无异是走出困境，加强自身地位的极好机遇。所以索南嘉措接到邀请即于1575年离开哲蚌寺北上。
1578年(万历六年)五月俺答汗与索南嘉措在青海湖边新落成的仰华寺(察卜齐雅勒庙)举行了历史性的会见。据说，“是时汉人、土伯特、蒙古、卫果尔(畏吾儿)喇嘛等聚集十万余人”。索南嘉措宣称，“阿拉坦汗尔为曩昔青吉斯汗之孙胡必赉彻辰汗之时，我为萨斯嘉班第达之侄玛第都瓦杂帕克巴喇嘛”，两人分别是忽必烈和八思巴的转世。俺答汗赠予索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号。“圣”意谓超凡人圣”；“识一切”是藏传佛教对在显宗方面取得最高成就的僧人的尊称；“瓦齐尔达喇”梵文，译成汉语执金钢，是藏传佛教对在密宗方面取得最高成就的僧人的尊称。识一切与瓦齐尔达喇结合起来，表示索南嘉措无论显宗、密宗都达到了最高成就。“达赖”蒙语大海；“喇嘛”藏语上师。从此，索南嘉措的活佛转世系统就被称为达赖喇嘛活佛系统。格鲁派寺院集团的上层僧侣立即将索南嘉措定为第三世达赖喇嘛，并追认哲蚌寺的前任领导根敦嘉措第二世达赖喇嘛，宗喀巴的最后也是最小弟子、扎什伦布寺的建立者根敦主第一世达赖喇嘛。作为酬答，三世达赖喇嘛索南嘉措也赠俺答汗尊号“咱克喇瓦尔第彻辰汗”。“咱克喇瓦尔第”梵文，意为转轮王，“彻辰汗”蒙语聪明睿智之汗王。
会见中宣布一系列命令，以保证黄教在蒙古地区传播。《安多政教史》说：
以前蒙古人死后，按其贵践，以其妻、奴仆、乘马、财宝殉葬，这种风俗今后一律废除，将死者财物献给上师和僧众，请喇嘛诵经，回向祈愿。禁绝杀牲祭祀，**者抵命，杀死马匹牲畜者剥夺其财产，对僧人动手侵犯者没其家。以前对“翁公”(蒙古萨满教崇拜的神)每月举行血祭，每年杀牲祭祀，现在将这些魔道神象一律烧毁，不烧毁者破其家。代替这些魔道神象，每家造一尊六臂观音像，用乳、酪、酥油供养。每月初八、十五、三十这三天守持斋戒。不再抢掠汉族、藏族。用这些命令使蒙古风俗变得与卫藏一样。
《蒙古源流》卷七亦有类似记载，可作补充：从前蒙古人等死后，则尽力宰杀驼马殉葬以为盘费，自此力改，竭力奉行经教，按年逐月，并按八节持戒颂经。其四项出家之人，常人如动手詈骂讥诮绰尔济等则照洪台吉例，喇木扎木巴、噶卜楚则照台吉例，格隆等照塔布囊、欢津台吉、宰桑例，托音、齐巴噶察、乌巴什、乌巴三察等则照官员例禁治。毁弃其所有之物。并参酌从前土伯特之三汗，蒙古胡必赉汗时旧例，创立十善福经之政，尊以圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛之号，照依诺门汗帕克巴喇嘛供奉。四项瑚巴喇克不派畋猎，不索供赋，以整齐道教。
我们从《阿拉坦汗法典》、《卫拉特法典》以及明朝方面的《北虏风俗》等典籍里都可以看出，上述规定决非一纸具文，许多条款都得到严格执行。
这次会见，一大批蒙古贵族由三世达赖喇嘛剃度为僧，《阿拉坦汗传》载，索南嘉措宣讲戒律的风采，感染了蒙古贵族，十二土默特之一百零八人成为班第(小喇嘛)、脱因(和尚)。据《安多政教史》，这一百多人中有鄂尔多斯、土默特和永谢布三部的王族成员。青海湖畔察卜齐雅勒寺俺答汗与三世达赖喇嘛的会见，为黄帽派藏传佛教在蒙古族地区的广泛传播，奠定了坚实的基础。
通观迎佛全过程，无论是俺答本人，或是索南嘉措，或是其他人，包括《阿拉坦汗传》、《蒙古源流》的作者们，无不把这次会晤比诸忽必烈、八思巴相见。俺答就是当今的忽必烈。数十年来，俺答建立了赫赫功业，他感到自豪；但在黄金家族中他只是小汗，而且永远不会成为全蒙古的大汗，也使他遗憾。垂暮之年皈依佛教，由他崇敬的活佛献上“咱克喇瓦尔第彻辰汗”尊号，被抬到忽必烈的地位上，无论今生或来世，都足以欣慰。然而俺答似乎没有料到，自此格鲁派迅速传遍全蒙古，给整个蒙古历史带来极为深远的影响，有积极的，也有消极的。
