鼓楼区以境内明代钟鼓楼得名 周显王三十六年（公元前333年），楚威王熊商打败越军后，在石头山置金陵邑，此为鼓楼区境第一个行政建置，也是南京城区建置之始。秦始皇赢政三十七年（公元前210年），始皇东巡，途经金陵，改金陵邑为秣陵县，并增设江乘县。汉献帝建安十六年（公元211年），吴侯孙权自京口（今镇江）移治秣陵，次年改秣陵为建业。晋改建业为秣陵、建邺、建康，南朝均都于此。隋唐降低建康政治地位，由郡降为州，再降为县，兴废无常，名称多变。现区境自五代杨吴天祐十四年（公元917年）至清末，始终为江宁、上元两县管辖。明初，筑南京城墙，区境主体部分圈入内城，其余部分也在外廓之内。
鼓楼建区始于民国22年（公元1933年）3月，始称南京市第六区，当时所辖范围，汉口路以南和草场门以西不在现区内。1950年成立新五区时，中央路以东及玄武湖全部划出。1955年改称鼓楼区。2013年3月，国务院批复南京市行政区划调整方案，原鼓楼、下关两区合并，设立新的鼓楼区。 古老的鼓楼，历史悠久，文化灿烂。距今6000多年前，北阴阳营新石器时代的原始村落，聚居着南京的初民，可谓是南京文明的摇篮；东汉年间孙权所建“石头城”，成为了南京的代名词；拥有1700多年历史的乌龙潭公园，自古素有南京小西湖之美誉；有着600多年历史的宝船厂遗址为国家3A级旅游景区，是郑和七下西洋最大的造船基地，堪称中世纪世界最大的皇家造船厂遗址；始建于洪武年间的鼓楼公园，为明代首都之象征，也是鼓楼地名的由来；颐和路民国公馆区，可谓是万国建筑博览馆，这里曾经住居着蒋纬国、陈布雷、马歇尔等众多叱咤风云的历史人物；还有惜阴书院、魏源故居、颜真卿纪念馆、傅抱石纪念馆、曹雪芹纪念馆等，无不闪耀着鼓楼灿烂历史文化的光芒。精致的鼓楼，风光秀丽，美景如画。虎踞南京西隅的清凉山，有着“石城虎踞”之美誉；石头城遗址“鬼脸照镜”的奇观，令人神往；横穿鼓楼的外秦淮河，碧波荡漾、风光迷人，在此可乘坐靓丽的秦淮画舫，饱览秦淮流韵的瑰丽画卷；还有古林公园、国防园、江苏南京广播电视塔等景观都是假日游玩的好去处。